高昌故城遗址保护二期工程自2007年10月开工以来，各项工作进展顺利，部分工程已进入收尾阶段。

高昌故城遗址保护工程二期工程总投资额为1394万元，工程抢险加固与保护工程主要为：高昌故城西门南、北段城墙各200米，东北排房、小佛寺及东北排房浏览木栈道铺设。

目前，已完成西南佛寺、内城城墙、部分濒危遗址的抢险加固及城内新游览线路的铺设；并完成了对西门、西南佛寺进行了前期的考古勘探和发掘工作。东南小佛寺遗址建筑的加固工程正在进行当中。

即将开展高昌故城城墙外防渗渠工程。该工程计划施工长度约为4200米，待高昌故城周边14户居民拆迁和土地退耕工作全部完成后方可进场施工。